수정세금계산서 작성방법과 발급시 주의사항

종이세금계산서를 잘못 발급한 경우 수정세금계산서를 발급하는 것이 원칙이나 거래 상대방과 합의하여 폐기하고 새로 세금계산서를 작성하는 관행이 있었습니다.  
그러나 전자세금계산서 제도가 시행된 이후에는 한번 발급한 전자세금계산서는 취소할 수 없기 때문에 잘못 발급하였다면 수정세금계산서를 발급하여 바로잡아야 합니다.
오늘은 수정세금계산서 발급시 확인할 사항과 작성 방법에 대해 정리해보았습니다.

■ 수정세금계산서 발급 시 확인할 사항 

작성연월일(사유발생일 or 당초 세금계산서 작성연월일), 금액(총액 or 순액), 발급건수(1장 or 2장), 수정신고·경정청구 여부

■ 수정사유별 작성방법(附令§59)

① 당초 공급한 재화가 환입된 경우
 - 환입된 날을 작성연월일로 하여, 환입된 금액만을 (-)로 1장 발급
 - 재화가 환입된 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급, 사유 발생일이 속하는 과세기간의 부가가치세 신고에 반영(수정신고 안함)
※ 부령 제54조 제1항 제3호에 의해 다음 달 10일까지 발급 가능

② 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우
 - 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 날을 작성연월일로 하여, 추가 또는 차감되는 금액만을 (+)나 (-)로 기재하여 1장을 발급
 - 세금계산서를 사유가 발생한 날이 속하는 다음 달 10일까지 발급하고, 사유 발생일이 속하는 과세기간의 부가가치세 신고에 반영(수정신고 안함)
※ 부령 제54조 제1항 제3호에 의해 다음 달 10일까지 발급 가능

③ 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 않은 경우
 - 당초 세금계산서 작성연월일을 작성연월일로 기재하여 부(-)로 1장을 발급
 - 계약이 해제일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급하고 신고기간 경과 후 계약이 해제된 경우 수정신고·경정청구 필요
※ 계약금, 중도금, 잔금지급 시 각각 세금계산서를 발급한 후 계약이 해제된 경우 총 3장의 수정세금계산서 발급

④ 내국신용장 등이 사후에 개설된 경우
 - 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 내국신용장 등이 개설된 때에
   ▶ 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 부(-)의 수정세금계산서 발급
   ▶ 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 정(+)의 영세율세금계산서 발급
※ 당초 발급한 세금계산서가 예정신고분인 경우 수정신고나 경정청구가 원칙이나 확정신고에 반영가능(부가, 부가22601-1489,1990.11.14)
※ 일부만 내국신용장이 개설된 경우 일부 금액만에 대하여 수정세금계산서 가능

⑤ 필요적 기재사항 등(임의적 기재사항 포함)이 착오로 잘못 기재된 경우
 - 당초 세금계산서 작성연월일을 작성연월일로 하여, 부(-)의 수정세금계산서와 정확한 정(+)의 수정세금계산서를 각 1매(총 2장) 발급하고 부가가치세 신고 후 사유 발생시 수정신고 또는 경정청구
※ 금액이 착오로 기재된 경우 착오기재된 금액만을 수정하는 것이 아니라 전체금액에 대하여 (-) 수정세금계산서 발급
※ 발급시기에 적법하게 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 작성년월일 착오기재로 수정세금계산서를 발급할 수 없음
※ 당초부터 발급되어서는 안 되는 세금계산서를 발급한 경우(예: 위장·가공 세금계산서) 원칙적으로 수정세금계산서 발급 불가

⑥ 전자세금계산서를 착오로 이중발급한 경우(2011년 5월 중 시행예정)
 - 당초 전자세금계산서 작성연월일을 작성연월일로 하여 부(-)로 1장을 발급

■ 수정세금계산서 발급사유 및 방법 요약

 ■ 수정세금계산서 기재사항 착오 사례

● 기재사항 착오에 해당되는 경우
 - 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 착오로 세금계산서를 발급한 경우 (부가46015-334, 1994.2.21)
※ 과세분을 면세계산서 발급시에는 수정세금계산서를 발급할 수 없음 (부가46015-2405, 94.11.28)
 - 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화(귀 질의 경우 토지)를 제공하고 착오로 세금계산서를 발급하였을 경우에는 수정세금계산서를 발급하고 추가로 계산서를 발급할 수 있음 (부가46015-2192, 1996.10.21)

● 기재사항 착오에 해당되지 않는 경우
 - 영세율 적용대상이 아닌 공급에 대하여 영세율 적용 세금계산서를 발급한 경우 (재소비46015-380, 2000.12.26)
※ 영세율 거래를 과세거래로 착오발급한 경우 수정세금계산서 발급가능 (제도46015-11102, 2001.5.15)
 - 공급자가 공급받는 자를 달리하여 수정세금계산서를 발급할 수 없는 것으로 공급받는 자의 매입세액으로 공제할 수 없고, 수정세금계산서를 발급한 공급자의 경우 가산세 적용대상임 (서면인터넷 방문상담3팀-1065, 2006.06.09)
<출처: 국세청 블로그>